Su debut en Primera se dio el 28 de agosto del 2013 ante Estudiantes de La Plata en el marco de los octavos de final de Copa Argentina. En aquel momento, Jonathan Calleri vestía la camiseta de All Boys, club en el que estuvo hasta mediados del 2014, cuando fue contratado por Boca Juniors.
Fue bicampeón con la camiseta de Boca y su sueño es volver a Argentina para jugar en un club del ascenso
El futbolista, quien actualmente se desempeña como delantero de un equipo brasilero, descartó volver a jugar en Boca para hacerlo con la camiseta de All Boys